Realmente no son errores son avisos en donde te indica que hay un movimiento con una cuenta de gasto que no tiene tercero, por si acaso debería contabilizarse una factura y luego el pago, ya que esa cuenta (en tu ejemplo la 627) es un gasto que deberia llevar asociado una factura y no un pago directamente. Pero solo es un aviso, no pasa nada por que al haber puesto el código SP999 y si este código esta puesto que no se lleve a libros en la consulta de impuestos no te saldrán para hacer las declaraciones

Hola Diego,  complementando lo que comenta Jose Luis: si el tipo de asiento tiene marcado el flag "IVA al devengo" (VAT), X3 considerará todos los asientos creados con ese tipo al lanzar la función Generación Declaración. Si no se quiere que aparezcan esos avisos porque los usuarios ya son conscientes de que no hay factura contabilizada, utiliza un tipo de asiento que no lleve gestión de impuestos para contabilizar esas operaciones. 

Muchas gracias por la aclaración Belén