Se a opção "Indexado ao Desconto Comercial" estiver ativa e a comissão estiver definida para 10% e no documento tiver, por exemplo, 5% de comissão, então será calculado da seguinte forma:

Total do documento s\impostos = 504€
Desconto global : 25,20€
Total= 478.80€

Assim sendo, 10% da comissão - 5% já descontado no documento = 5%, onde 5% de 504 será 25.20€ de comissões.

Obs: No manual e Ajuda da aplicação, indica o seguinte "Poderá ainda optar por deduzir os descontos aplicados na venda na comissão do vendedor, para tal, ative a opção Indexado ao Desconto Comercial"