Factura Tercero Proveedor y su correspondiente rectificativa por sustitución en Contabilidad de Terceros y envíos al SII

Buenas tardes, 

Se nos presenta la siguiente casuística:

1º Proveedor emite a nuestro cliente factura de inversión de construcción con IVA en mes de Octubre. (Factura ya enviada al SII)

2º Posteriormente ahora, al poder aplicarse la ISP en esa factura. El proveedor no emite abono y emite otra factura como concepto de Rectificativa de la anterior aplicándose la ISP. Es decir la factura correcta va ser sin el IVA de la ya enviada al SII en Octubre.

¿Cómo podríamos dejar reflejado esta trazabilidad contable a través de contabilidad de tercero y como se trataría cada una en el SII?

Muchas gracias de antemano,

 Un saludo.