Oui c'est normal si vous avez coché la case "vérifier séquence numéro" dans paramètres/entreprise/formulaire/chèques. 

En soi c'est une bonne chose que cette case soit cochée. Par contre pour passer outre à votre message, vous pouvez indiquer comme numéro de chèque le numéro de chèque que vous voulez suivi d'un a... ex ch # 12a ou ch 12-1 et la transaction va passer sans problème.